1966年5月，省委部署学校开展“无产阶级文化大革命”，6月1日晚，中央人民广播电台播了聂元梓等的大字报。人民日报相继发表了《横扫一切牛鬼蛇神》，学院有些人开始写大字报，7月出现了要求罢官的大字报，院长刘德本开始“引火烧身”，省委提出斗垮“走资本主义道路的当权派”7月末，大字报已上万张，8月院学生会召开组织起来大会，要求罢官，8月8日，中央发布十六条。8月18日全院师生听了北京百万人庆祝大会，学校开始出现红卫兵组织成立了“造反团”，编成了团、营、连、排。以学生会干部为主又成立了“八八团”，8月末又以“红五类”为主成立了“东农团”。继之，八八团、东农团又开大会批斗院系领导，以宋振业为首的造反团，则组织人员砸档案柜，索取“黑材料”。各团之间，出于各自的动机，不断发生矛盾。9月末全国大串联，学习北大、清华的“造反经验”。10月，造反团批走资派的同时也批八八团的“反动路线”。12月，原省委负责人潘复生以及军工学生毛远新公布支持“红色造反团”，于是八八团和东农团相继垮台。1967年1月造反团接管了学校，夺权成功。3月，解放军军训团进驻学校，5月中旬，成立了东北农学院革命委员会，主任委员为李振华（学生），副主任委员为霍竹轩（原党委副书记），下设办公室、政治部、作战部、院务部、武装部等。
1967年7月，造反团内部，因为向不一致分成了“炮轰派”，即主张炮轰省委等某些人，一部分主张捍卫三结合指挥部，简称“捍联总”，两派于年末开始了武斗，10月，全国掀起了解放干部，加强革命的三结合，将滕顺卿安排在院斗批改办公室工作，参加过几次系班学生教改问题座谈会，后来在打击右倾翻案风中，把滕顺卿打成右倾翻案集团，在1968年4月又停止了他的工作。随着打击右倾翻案行动，开始了打击一大片，私设公堂，酷刑逼供，5月末兽医系组织一批人，对某些怀疑对象进行了抄家，主要是抄钱，说是有人把钱支持了特务活动，没有抄到钱的就集中到化学馆，由刘恒朴讲话，大骂一顿，后来就单个逼供，把有些人打得鼻青脸肿，然后关了起来，结合清理阶级队伍把一批老中年教师进行了残酷批斗，编入黑帮队，集体劳动，停发工资，还搞什么忆苦会，把一批清查批斗对象，排队到食堂给吃菜团子，说好吃不好吃都得挨打，兽医系在这方面在全院搞得“有名”。1969年7月清队结束，全院前后被揪斗者343人，约占全院教职工三分之一，非常死亡8人。
1968年10月，军、干、群三结合的院革委会，决定在数日内全院下迁汤原县香兰农场办学，使校团1500亩、房屋十数万平方米，拱手交出，设备家具散失。到香兰后实行场校合一，系队合一，实行秋收，教学工作停顿，教职工变成了农工。冬天贪晚打水稻，春天下水田播种水稻，并且继续批斗黑帮队，虽然1970年招了350名工农兵学员，分属三个系，也聘请了工农讲师，但并未真正上课，实际上生产也未搞好，到1972年陷入窘境。省革委会又考虑场校舍分开，招收学员。但由于条件太差，也无法开学，只得将已招学员退回。
1970年，全国范围搞班干部插队落户。农学院派性掌权的某些人，认为教师也是“复辟势力的社会基础”，要把“相当一部人应从干部、教师队伍淘汰出去”。于是1970年2月初动员大讲插队光荣。在2月26日批准232名干部教师到农村插队。去巴彦县插队的190名，其中教师和技术干部129名，被分配到兴隆镇和为民两个公社18个大队。基础兽医学系解剖组秦鹏春到为民公社林青四队插队，三年中为小队办了养羊、养鸡和养蜂，因该队为山区，所以，还起了一定的作用，生理组谭贵厚插队到为民小队一队，生化组张素琴插队到工农大队。动物组肖前柱和周彦琳插队到为民三队。插队干部在农村还是了挥了一定的作用。贫下中农并未给予歧视，尽量发挥了他们的作用，受到当地人民群众的好评。1973年初，插队干部全部调回哈市，住在原校址的主楼、兽医院和农机在仓库。这一活动宣告结束。
学校在由香兰农场回哈后，省委决定农学院到阿城县松花江地区“五七”干校开学，因为原校址已被省直机关占据，学校又必须下乡办学，所以就选择了在阿城开学。把一些东西搬到阿城开学，原兽医楼倒出给松花江地区。并且在离阿城8公里的阿城畜牧场定点建校。1974年11月5日，1973-1974年招的250名工农兵学员入学，香兰仍住着100多名教职工，包括回哈的教职工，均每日乘火车去阿城上班上课。1975年春接管了阿城畜牧场，在一条荒沟，开始依坡挖洞建土坯房，经过40天，盖起27栋2338平方米的土窑洞，迎接1975年的346名工农兵新学员入学，后来又建了一些砖房，迎来了1976年298名新生入学，还修建了汽车库、锅炉房、温室及鸡舍等。
从香兰迁来210户教职工，1976年在校生达到近900人。为全国、全省还举办了各种不同类型的短训班98次，培养了近850人，还编写了各种教材和参考书百余种，保证了教学工作进行，但课程设置过少，基础理论教学更受到严重削弱。兽医专业过去讲4门化学共300学时，现在只上一门，仅150学时，另外，教学计划经常变动，实践环节严重削弱，学制也仅为三年，这样，就保证不了学生的质量。但是，后来又受到张铁生的读书无用论的影响，加上学朝农，又把农大分成三个，又办了绥化和嫩江两个分院，称为改造东北农学院，此事几经搁置，遭到院领导和群众的抵触，但由于省文教办的态度坚决，所以最终在1976年6月还是派了二人各带一部分人员去绥化筹建绥化分院和去嫩江筹建嫩江分院并进行了招生、开学。四人帮倒台后，在1978年6月省委决定撤销两个分院，干部、教师又都回到原校。
